Résumé complet
Jiro, un jeune garçon qui vit au village de Sai, sur la péninsule de Shimokita, découvre en rentrant chez lui les corps inanimés de sa mère et de sa sœur adoptives, qui ont été assassinées. A côté de leurs dépouilles se trouve une dague dont Jiro s’empare alors que les villageois rentrent dans la maison. Concluant à tort qu’il est l’assassin, les villageois le chassent. Dans sa fuite, il rencontre un moine bouddhiste du nom de Tenkai qui va l’amener jusqu’à Taroza, l’homme qui a tué sa mère et sa sœur. Taroza, qui est manchot et affaibli par les nombreuses attaques qu’il a subies, s’avère être une cible facile. Ce que Jiro ne sait pas, c’est que le responsable du double meurtre est en réalité Tenkai ! En effet, ce dernier est un espion travaillant pour le shogunat et qui compte utiliser Jiro pour réaliser de mystérieux desseins. Tenkai va ensuite conduire Jiro (dont le village a été brulé par le faux moine afin de détruire de potentielles preuves) sur l’île d’Ezo et le confier à ses sbires, Sampei et Shingo, pour qu’ils fassent de lui un redoutable ninja.
Quelques années après, Jiro se trouve par hasard dans un lieu où des hommes s’acharnent sur un vieillard. Le fils de ce dernier, Uraka, supplie Jiro d’intervenir mais il est trop tard et le vieil homme décède. Jiro, qui ne se doute pas que ceux qui ont tué le vieil homme travaillent pour Tenkai, ramène Uraka chez lui, dans un village aïnou nommé Kotan, où il rencontre le doyen qui reconnait sa dague (celle qu’il avait trouvé près des corps de sa mère et de sa sœur) : il s’agit de "la dague de Kamui", qui appartenait autrefois au chef du village avant que ce dernier ne l'offre à un ninja qui avait épousé sa fille, Oyaruru. Mais celle-ci avait fini par rentrer un jour seule au village. Jiro rencontre donc sa mère biologique qui lui apprend que c’est Tenkai qui est à l’origine de leur séparation. En effet, Tenkai avait besoin d’une très grosse somme d’argent pour continuer à soutenir le shogun et empêcher le retour de l’empereur au pouvoir. Il a donc confié à Taroza la tâche de récupérer un trésor lui permettant de financer ce projet mais, durant sa quête, Taroza a rencontré Oyaruru et coupé tout lien avec Tenkai. Pour se venger, ce dernier a séparé Taroza et Oyaruru et a obligé celle-ci à abandonner son fils à sa naissance tandis que ses hommes de main ont précipité Taroza dans un ravin après lui avoir coupé un bras. Jiro réalise alors que l’homme qu’il a tué était son propre père ! Plus tard, la mère de Jiro est à son tour assassinée et le jeune homme est à nouveau accusé de meurtre. Grâce à Uraka, Jiro parvient à échapper aux villageois et décide de se venger de Tenkai, qui l'avait pris sous son aile uniquement pour le manipuler et le surveiller lorsque celui-ci déciderait d'en savoir plus sur son passé, quête qui pourrait le conduire au fameux trésor...
Comprenant que Jiro va finalement devenir une gêne pour lui, Tenkai envoie à sa poursuite ses meilleurs ninjas et parmi eux la belle mais implacable Oyuki. La bataille est terrible et Jiro parvient péniblement à s’en tirer vivant. Il est alors soigné par un vieil ermite qui vit sur l’île de Hokkaidô avec sa jeune assistante. Se sentant en confiance avec eux, Jiro leur confie être à la recherche d’un trésor, et, grâce à eux, il réalise qu'une carte se cache dans le pommeau de sa dague et que le fameux trésor se trouve... en Amérique. Malheureusement, les hommes de Tenkai retrouvent notre héros et tuent le vieil homme et tandis que Jiro se charge de le venger, l’assistante de l’ermite se suicide pour ne pas répondre aux interrogations de Tenkai.
Grâce à l’aide de Sam, un Afro-Américain qu’il a rencontré par hasard, Jiro embarque pour un bateau à destination des États-Unis et sur lequel l’attend Oyuki, la femme ninja. En tentant de tuer Jiro, Oyuki est blessée et, à la demande du capitaine, le jeune homme doit veiller sur son ennemie durant sa convalescence. Au début réfractaire à cette idée, Jiro finit par s’attacher à elle, ce qui s’avère réciproque. Elle va même jusqu’à le sauver alors qu’un marin tente de le tuer.
Forcés par le capitaine à débarquer, Jiro, Oyuki et Sam se retrouvent en Russie où ils tombent sur Tenkai. Ne voulant pas que la jeune femme soit accusée de trahison par ce dernier, Jiro la quitte et est laissé pour mort peu après dans une avalanche. Mais Jiro a évidemment survécu et se retrouve un an plus tard dans le désert du Nevada. C’est là qu’il fait la rencontre d’une jeune Indienne, Chico, qui manque d’être violée par deux cowboys. Chico emmène Jiro dans un saloon appelé Santa Catalina qui pourrait être un indice pour le jeune homme qui recherche une ile homonyme (c’est là qu'est censé se trouver le trésor). Au saloon, Jiro rencontre un certain Mark Twain (auteur de Tom Sawyer) qui lui indique la position de l’ile de Santa Catalina, qui aurait appartenu au Capitaine William Kidd (un pirate qui a réellement existé).
Sur l’ile, Jiro retrouve enfin le trésor mais il se rend ensuite compte qu’il a été suivi par Tenkai. Ce dernier charge Oyuki de le tuer et révèle alors... qu’elle est sa sœur ! Oyuki refuse de tuer Jiro et s’attaque à Tenkai, qui meurt sous ses coups, cependant la jeune femme est elle-même mortellement blessée... Après avoir enterré sa sœur, Jiro retrouve Chico, qui s’appelle en réalité Julie. Née à Nagasaki, c’est la fille d’un Français qui a affronté Tenkai, leur combat s’étant achevé sur leur mort respective. Jiro réalise qu’en fait le Tenkai que sa sœur a assassiné et celui tué par le père de Chico/julie étaient deux imposteurs ! Après quelques autres péripéties, Jiro finit par affronter et vaincre le véritable Tenkai. Le film s’achève sur la rencontre entre Jiro et un dernier personnage (non fictif) : le général Saigo (à qui l’on doit l'abolition du shogunat).
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